藻類微生物檢測出的菌藻為細菌、真菌和藻類，它們增殖快，可以形成細菌微生物膜，對設備造成污塞和腐蝕。細菌中黏液細菌和鐵細菌容易生成黏液菌膜，某熱電廠在除鹽水箱中大量滋生這類菌膜，增殖速度快，并使混合床污塞。鐵細菌除自身引起污塞外，還使鋼鐵設備腐蝕，在此過程中獲取營養，并由亞鐵離子氧化為高價鐵離子過程中獲取熱量（能量）。能產酸引起設備腐蝕的有硫細菌與氮（硝）細菌。硫細菌中硫化細菌可以還原硫酸鹽和把有機硫轉化為硫化氫；反硫化細菌可把硫化物氧化為亞硫酸，進而氧化為硫酸。硝化細菌可使氨（胺）在亞硝酸細菌作用下氧化為亞硝酸，再進而在硝酸細菌作用下氧化為硝酸；與以上在好氧條件下的氧化作用相反的是厭氧菌的反硝化作用，硝酸鹽還原細菌可將硝酸還原為亞硝酸，亞硝酸鹽還原菌將亞硝酸鹽還原為氨（胺）。真菌在水中存活較少，主要在大氣與動植物腐壞物上寄生。藻類中主要是藍藻、綠藻和硅藻，其主要顏色分別為藍、綠、褐。藻類依靠光合作用吸取能量存活，它可把水中的重碳酸鹽或溶入水中的CO2轉化為醣并產生氧氣，隔絕陽光可以抑制其生長。
菌藻的尺寸為0.5-2微米，有的可達10微米，如果不能將其可靠地濾除或殺滅，一旦進入膜處理元件，活體將繁殖孳生，死亡后的遺骸及分解產物仍將造成污塞。
對于膜處理的入口水進行微濾，使濾孔為0.1微米可以阻濾菌藻；使用殺菌滅藻劑可以殺滅菌藻，但應控制劑量以免損傷膜體。交替使用氧化性殺生劑及還原性殺生劑，可以防止菌藻出現抗藥性。
由于環境污染，一些湖泊富營養化程度不斷加劇，導致水中藻類的快速增長。大量藻類的存在，直接影響了自來水的生產和供應。為了了解藻類對水廠各工藝環節的影響，以湖泊水為水源的許多水廠都相繼開展了藻類計數檢測項目。國內普遍采用的方法是將1L水樣加魯戈試劑固定在一個容器中，自然沉降24h后，利用虹吸的方法吸去上清液，并濃縮定容到30-50mL，然后取1mL放入血球計數板，在正置式顯微鏡下進行鏡檢計數。此方法由于所需的水樣較多（1L），在需要采集多個水樣時，采集和運送的工作量大;在沉樣時還要多次沖洗轉移，增加了產生誤差的機會，而且操作不便。
采用藻類計數方法的特點是使用倒置式顯微鏡，藻樣通過沉樣板一步沉降到位，與國內普遍采用的方法相比具有準確快捷，水樣用量少，運送方便，無須多次沖洗轉移，操作簡單等優點，適用于生產和科研檢測。
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